
A Batman Ninja folytatásában a Batman család visszatért a jelenbe, hogy felfedezze, Japán eltűnt, és egy hatalmas sziget – Hinomoto – van az égen Gotham City felett. A csúcson a Yakuza ül, egy csoport szuperképességű egyén, akik becsület és emberség nélkül uralkodnak, és gyanúsan hasonlítanak az Igazság Ligájára. Most Batmanen és szövetségesein múlik, hogy megmentsék Gothamet.